《行動計劃》中明確了各部門的工作職責。提出了細菌耐藥防控工作的主要措施包括9大方面：
發展改革部門促進抗菌藥物研發和產業化；
科技部門通過相關科技計劃（專項、基金等）統籌支持抗菌藥物和細菌耐藥研究；
財政部門安排細菌耐藥控制相關經費，加強資金管理和監督；
食品藥品監管部門加強抗菌藥物的審批、生產、流通管理，重點加強零售藥店憑處方銷售抗菌藥物管理；
工業和信息化部門完善醫藥產業政策，促進抗菌藥物綠色生產和相關成果的產業化；
衛生計生部門負責加強抗菌藥物臨床應用管理，做好遏制細菌耐藥工作的組織協調和督促落實，中醫藥管理部門、軍隊衛生部門分別做好中醫醫療機構、軍隊醫療機構的抗菌藥物臨床應用管理；
農業部門加強獸用抗菌藥物生產、經營、使用環節監管，減少動物源細菌耐藥；
國土資源部門加強土壤環境抗菌藥物監測能力建設；
環境保護部門加強抗菌藥物環境污染防治工作，加強抗菌藥物環境執法和環境監測能力建設，加快抗菌藥物污染物指標評價體系建設；
教育部門將抗菌藥物合理應用相關知識納入中小學健康教育內容并落實；
文化部門、新聞出版廣電部門通過廣播、電視等主要媒體向公眾廣泛宣傳抗菌藥物合理應用知識。
▲鼓勵開展細菌耐藥分子流行病學和耐藥機制研究。
▲支持新型抗感染藥物、儀器設備和疫苗的研發。
▲支持耐藥菌感染診斷、治療與控制研究。
▲開展抗菌藥物環境污染控制研究，進行抗菌藥物污染治理技術、抗菌藥物在水環境和土壤中的去除以及修復技術等研究。
▲完善抗菌藥物注冊管理制度。
▲加強抗菌藥物生產流通管理。
▲推進抗菌藥物產業升級。
▲規范抗菌藥物臨床應用管理。
▲加強獸用抗菌藥物監督管理。
▲完善抗菌藥物臨床應用和細菌耐藥監測網絡。
▲建立健全養殖領域抗菌藥物應用和細菌耐藥監測網絡。
▲建立醫療與養殖領域抗菌藥物合理應用和細菌耐藥監測網絡的聯通機制，實現兩個領域的監測結果相互借鑒參考。
▲建立細菌耐藥參比實驗室和生物標本庫。
▲加強醫藥專業學生培養。
▲加強相關專業醫務人員培養。
▲加強養殖業與獸醫從業人員教育。
